Đối với website thương mại điện tử có ứng dụng thanh toán trực tuyến, người bán phải có một  tài khoản ngân hàng. Website bán hàng sẽ sử dụng một trong những dịch vụ của các nhà trung gian sau đây để có thể nhận tiền thanh toán của người mua

2checkout.com:
Phí đăng ký (set up): 49 usd
Mỗi khi có giao dịch, khách hàng phải trả cho 2checkout một khoản tiền là: 0.45USD phí giao dịch cố định + hoa hồng là 5.5% của tổng số tiền giao dịch.

Verisign.com:
Phí đăng ký: từ 179 – 249 usd
Thu phí định kỳ hàng tháng: từ 20 – 60 usd, tùy theo mức độ giao dịch hàng tháng.
Mỗi giao dịch phải trả thêm 0,1 usd lệ phí.

PayPal.com:
Phí đăng ký (setup): miễn phí
Phí giao dịch được tính như sau:

Tổng số tiền giao dịch	Phí giao dịch
0.00$ - 3,000.00$	2.9% + 0.03$
3,000.01$ - 10,000.00$	2.5% + 0.03$
10,000.01$ - 100,000.00$	2.2% + 0.03$
>100,000.00$	1.9% + 0.03$

Các dịch vụ trung gian chỉ chấp nhận giao dịch chuyển tiền thông qua các hình thức sau đây:

Thẻ tín dụng (Credit Card):
Visa
Mastercard
Discover
American Express
Diner's Club
JCB

Hình thức thanh toán khác (Other Payment Options):
Check (chỉ áp dụng cho người thanh toán ở Mỹ)
Pay Pal
Mail in your Payment

MỘT SỐ LƯU Ý CỦA THANH TOÁN TRỰC TUYẾN:

Ngoài những điểm mạnh của TMĐT như ta đã biết:
Nhanh chóng
Tiện lợi
Toàn cầu

Cũng cần xem xét đến một số điểm hạn chế sau:
Độ rủi ro cao. Quý vị có thể được trả bằng những khoản tiền từ thẻ tín dụng bị đánh cắp. Trong trường hợp đó, Quý vị có thể đã giao hàng mà không thu được tiền. Hoặc sẽ bị khóa tài khoản từ những vụ việc có liên quan đến thẻ tín dụng không hợp lệ.
Một số nhà cung cấp dịch vụ trung gian không chấp nhận Việt Nam là một điểm thanh toán. (Hiện nay chỉ mới có 2checkout chấp nhận VN)
Để đề phòng các trường hợp sử dụng thẻ tín dụng đánh cắp hoặc các trường hợp khác, số tiền bán hàng thu được sẽ bị “lưu kho” trong vòng tối thiểu 1 tháng. Nếu không có phản ảnh, kiện cáo gì thì mới được “giải ngân” về tài khoản người bán. Do đó, Quý vị phải suy nghĩ đến việc vốn của Quý vị sẽ bị “lưu kho” một khi các khoản tiền bán hàng của Quý vị chủ yếu được thanh toán qua mạng.
Phí dịch vụ chuyển tiền cao. Trung bình nhà cung cấp dịch vụ sẽ charge 10% trên tổng số tiền được chuyển. Do đó, nếu việc mua bán của Quý vị không có lãi nhiều lần ở trên mức 10% thì Quý vị phải suy nghĩ lại khả năng ứng dụng TMĐT của website.